Le laboratoire Archéorient est structuré en quatre axes thématiques. Chaque axe fédère plusieurs programmes, eux-mêmes organisés en opérations, généralement de terrain mais aussi méthodologiques.
|  | Axe 1 - Marqueurs biologiques et environnementaux Responsables : Jean-Philippe Goiran et Sébastien Gondet | 
|  | Axe 2 - Organisation de l'espace Responsables : Bérengère Perello et Marie-Odile Rousset | 
|  | Axe 3 - Marqueurs culturels Responsables : Johnny Samuele Baldi et Rémy Crassard | 
|  | Axe 4 - Pratiques funéraires Responsables : Emmanuelle Vila et Virginie Muller |